摘要
微生物组是指特定环境中所有微生物及其遗传物质的总和，其进化分析和物种溯源对于理解微生物群落的功能、多样性以及与环境的相互作用至关重要。
近年来，深度测序技术的快速发展为微生物组研究提供了强大的工具，使得高通量、低成本地获取微生物群落信息成为可能。
本文综述了基于深度测序的微生物组进化分析及物种溯源算法研究进展，首先介绍了微生物组、深度测序、进化分析和物种溯源等相关概念，接着重点概述了微生物组进化分析方法和物种溯源算法的研究现状，并对不同方法的优缺点进行了比较分析，最后展望了该领域未来的发展趋势。
关键词：微生物组；深度测序；进化分析；物种溯源；算法
微生物组是指存在于特定环境（如土壤、水体、人体等）中所有微生物（包括细菌、古菌、真菌、病毒等）及其遗传物质的总和[1]。
微生物组在生态系统中扮演着至关重要的角色，参与物质循环、能量流动、宿主健康等多个方面。
深度测序技术，又称高通量测序技术，是一种能够对DNA或RNA进行大规模平行测序的技术[2]。
相比传统的Sanger测序技术，深度测序技术具有通量高、成本低、速度快等优势，revolutionized了微生物组研究领域。
进化分析是指研究生物进化历史和关系的学科，通过构建系统发育树、分析基因组结构变异等方法，可以揭示微生物的起源、演化路径以及功能多样性。
物种溯源是指根据微生物的遗传信息，追溯其来源和传播途径，对于防控传染病、保障食品安全等方面具有重要意义。
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