基于肾癌基因组学数据Meta分析文献综述

 2023-02-17 09:02

一、研究目的与意义:

在一些医学文件中提及在肾癌早期,如果发生远端转移,那么5年的存活率将降到10%,所以我们希望通过分析发生远端转移和未发生转移的肾癌基因的表达水平的差异性,来找出远端转移肾癌的生物标志物,以达到预测肾癌是否转移的目的。

二、研究的一般方法:

首先,通过在GEO和ArrayExpress数据库搜索 kidney cancer、renal cancer、metastasismicroarray等关键字查找相关的数据集,再对这些数据集进行手动检查,纳入标准为1、数组的表达 2、包含原始文件 3、包含转移的数据,筛选出符合要求的数据集。

先进行单个微阵列数据分析,对单个数据集中的数据进行标准化,找出失调基因,上调基因和下调基因。再将这些数据集中筛选后的基因按上调和下调分别合并,找出重叠的基因,并对失调基因进行注释。

再对数个微阵列数据集进行Meta分析,首先进行异质性分析,再使用各种包和方法,以及依据假发现率、FC值等值,鉴定上调或下调基因列表,找寻是否有和之前找出的重叠基因一致的基因。

最后对选出的基因进行富集分析。

(现在对方法还是不太清楚,在摸索阶段,需要阅读更多的文献,找寻更适合自己研究方向的方法)

三、论文进度:

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