TRH与碳纳米管的分子间非共价相互作用的理论计算研究文献综述

 2023-02-13 11:02

碳纳米管(Carbon Nanotubes,CNTs)(1-3)是呈特殊管状结构的碳化合物,可视作由单层或多层石墨烯片经卷积形成(3),具有特殊的力学、电学、热学、化学性能。碳纳米管宏观上是理想的一维纳米材料,微观上则有三种主要三维构型(1),一般用手性矢量(n,m)标记:扶手椅形(n,n);锯齿形(n,0);螺旋形(n,m)。其中扶手椅型和锯齿型碳纳米管都没有手性,螺旋型碳纳米管(n,m)有一个手性矢量为(m,n)的对映异构体。本课题所用到的碳纳米管都是最常用的扶手椅形构型。

TRH(促甲状腺激素释放激素)是人体内常见且重要的激素(4),人工合成的TRH药品名称为普罗瑞林,用于检查下丘脑与甲状腺的功能(5)。TRH本身是一个结构简单的三肽,但同时包含了羟基、羧基、酰胺、脂肪族和芳香族氮杂环等多种结构,是非常具有代表性的小分子药物,能产生氢键、pi-pi堆积、静电作用、色散作用、空间位阻等多种形式的非共价相互作用,且TRH整体呈三角锥型构型,与碳纳米管作用时能产生多种空间取向和作用模式,特别适合作为本课题的模型小分子。

碳纳米管具有高度对称的大共轭结构,虽然在管壁上进行共价修饰非常困难,但碳纳米管的非共价相互作用潜力很大。国内外已有很多碳纳米管吸附、负载小分子的研究报道(6-8),但整体而言对非共价相互作用内在机制的探索并不多。本课题立足于小分子TRH与碳纳米管的非共价相互作用,实际上就是研究能产生各种非共价相互作用类型的分子,同大共轭体系的相互作用,或者说研究在一方为管状大共轭体系时,何种分子、基团能在非共价相互作用的竞争上取得优势。

本课题的主要研究方法是量子化学计算和波函数分析。量化计算方面,几何优化部分先用随机算法生成大量初始构型、再以半经验几何优化、DFT(9)几何优化、DFT能量计算的顺序逐步筛选出最稳定构型;溶剂化能计算方面采用SMD隐式溶剂模型;能量分解采用SAPT方案。波函数分析方面,实空间函数分析部分在分子周围实空间均匀取样,计算各空间格点上某些可以指征非共价相互作用模式和强度的函数,并进行可视化分析;拓扑分析部分立足于电子密度函数这一最基本信息,搜索和考察分子几何中电子密度函数图景的关键点,揭示非共价相互作用产生的空间几何逻辑。

1. Dresselhaus MS, Dresselhaus G, Avouris P, SpringerLink (Online service). Carbon nanotubes synthesis, structure, properties, and applications. Berlin ; New York: Springer; 2001. Available from: http://dx.doi.org/10.1007/3-540-39947-X.

2. Endo M, Iijima S, Dresselhaus MS. Carbon nanotubes. 1st ed. Oxford ; Tarrytown, N.Y.: Pergamon; 1996. x, 183 p. p.

3. Iijima S, Tanaka K. Carbon nanotubes and graphene. Amsterdam: Elsevier; 2014. Available from: http://www.sciencedirect.com/science/book/9780080982328.

4. Joseph-Bravo P, Jaimes-Hoy L, Charli JL. Advances in TRH signaling. Rev Endocr Metab Disord. 2016;17(4):545-58.

5. Singh O, Pradhan DR, Nagalakashmi B, Kumar S, Mitra S, Sagarkar S, et al. Thyrotropin-releasing hormone (TRH) in the brain and pituitary of the teleost, Clarias batrachus and its role in regulation of hypophysiotropic dopamine neurons. J Comp Neurol. 2019;527(6):1070-101.

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