1.研究背景:
基因编辑是指对基因组进行定点修饰的一项新技术。利用该技术,可以精确地定位到基因组的某一位点上,在这位点上剪断靶标DNA片段并插入新的基因片段。目前主要有3种基因编辑工具酶用于基因编辑技术,分别为:①人工核酸酶介导的锌指核酸酶(ZFN);②转录激活样效应因子核酸酶(TALEN);③RNA引导的Cas9核酸酶(CRISPR/Cas9)。
其中,ZFN和TALEN均由DNA特异性识别蛋白和Fok I切割功能域融合表达而成,利用蛋白(ZFP或TALE)与DNA之间的特异性相互作用捕获靶标DNA,再利用Fok I切割功能域对靶标DNA进行切割。但是,ZFN和TALEN[1]都有很强的序列偏爱性。因此,为了设计出适合靶标DNA的ZFN和TALEN,需要进行大量的ZFP或TALE筛选工作,设计繁琐,成本较高,功能受限,不能很好地实现对任意序列靶标DNA的识别切割。对于CRISPR/Cas9系统,原理上则明显不同,它利用RNA与DNA的相互作用搜寻和结合靶标DNA,再引导Cas9内切酶对互补的序列进行双链切割。该技术设计简单、切割效率高、细胞毒性小。但是,CRISPR/Cas9要求靶标DNA前端必须有前间区序列邻近基序(PAM),依然不能很好地实现对任意序列靶标DNA的识别切割。因此,本课题针对现有基因编辑工具酶的不足,拟设计一种不受靶标DNA序列限制的工具酶,这种酶不通过核酸序列识别靶标,而是通过核酸结构识别靶标,即核酸结构介导识别切割酶(SGN)[2]。
本课题组在预试验中,初步设计构建了第一代SGN,已证明第一代SGN可以对不同序列靶标DNA进行切割,但存在着效率较低的问题。本课题在第一代SGN的基础上,拟通过将SGN由单体变为二聚体的方式对SGN进行改造,以提高SGN的切割效率。本课题拟引入错配识别蛋白MutS,错配识别蛋白MutS是错配修复系统行使修复功能的第一个蛋白,具有识别并结合错配的能力,具有特异性结合错配的特殊功能[3]。
2.研究意义:
针对现有基因编辑工具酶设计复杂、成本较高、不能实现对任意靶标DNA进行切割等缺点,本课题在自主构建的第一代结构介导内切酶基础上,通过对SGN由单体变为二聚体的方法,设计出第二代SGN。第二代SGN是一种通过核酸结构介导识别替代现有的核酸序列介导识别,不受靶标DNA序列限制的基因编辑工具。本课题将在体外和体内水平对二代SGN的切割能力进行研究,并同现有基因编辑工具进行比较。本课题为基因编辑工具酶的研发提供了新的研究思路,在理论上实现了在体内和体外水平对任意靶标DNA的识别切割。本课题的成功研究将促进基因编辑技术的发展,为推动医学和生命科学的发展做出贡献。
3.研究内容:
(1)添加二聚体对SGN改造的研究;
(2)外源蛋白的表达与纯化;
(3)SGN体外水平功能的评价;
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